A Polícia Federal abriu um inquérito para investigar se o presidente Jair Bolsonaro prevaricou no caso das supostas irregularidades na negociação da vacina indiana Covaxin. A investigação foi aberta a pedido da Procuradoria-Geral da República, e autorizada Supremo Tribunal Federal (STF). Após a autorização do STF, a PF pode começar as apurações.

De acordo com a legislação, prevaricar consiste em "retardar ou deixar de praticar, indevidamente, ato de ofício, ou praticá-lo contra disposição expressa de lei, para satisfazer interesse ou sentimento pessoal".

Segundo o deputado Luiz Miranda (DEM-DF) e o irmão dele, o servidor do Ministério da Saúde Luiz Ricardo Miranda, em um uma reunião provada com Jair Bolsonaro no dia 20 de março, informaram o presidente sobre suspeitas de superfaturamento na compra da vacina indiana Covaxin.

Por 3 meses, o governo nada disse publicamente sobre as denúncias. Depois que os irmãos Miranda a tornaram pública, o Palácio do Planalto já apresentou três versões.

Versões apresentadas pelo governo

• Primeira versão: o ministro Onyx Lorenzoni (Secretaria-Geral) e o ex-secretário-executivo da Saúde Élcio Franco deram entrevista coletiva para desmentir as denúncias. Onyx chegou a dizer que o invoice referido pelos irmãos Miranda era fraudado. Disse também que as informações sobre preço e quantidade de doses apareceram erradas numa primeira versão do documento, mas foram corrigidas depois, assim como a previsão do pagamento adiantado. E concluiu que a empresa que receberia o pagamento em Singapura é uma subsidiária da Barath Biotech, fabricante da Covaxin.
• Segunda versão: senadores da CPI da Covid aliados ao governo saíram de uma reunião no Palácio do Planalto dizendo que, logo depois de saber das denúncias, Bolsonaro avisou o então ministro da Saúde, Eduardo Pazuello, para que providências fossem tomadas. Ainda de acordo com os senadores, Pazuello teria promovido uma apuração interna do caso, sem encontrar qualquer problema no contrato. Os parlamentares não divulgaram relatório ou documento do Ministério da Saúde que comprove essa investigação.
• Terceira versão: o líder do governo no Senado, Fernando Bezerra (MDB-PE), disse à CPI que Bolsonaro avisou Pazuello no dia 22 de março, dois dias depois da reunião com os Miranda. Pazuello foi exonerado no dia 23 de março, então, em tese, teve menos de um dia para tomar providências. Bezerra disse ainda que Pazuello avisou das suspeitas para Élcio Franco. O ex-secretário-executivo foi exonerado no dia 26.